La Comisión está integrada por el sector productivo de la cadena y por el sector público que está relacionado con las actividades del mismo. Es presidida por el titular de la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural, pudiendo actuar como suplente el Subsecretario de la dependencia que sea designado por el Secretario.
La Comisión es coordinada por un Vocal Ejecutivo, que es designado por el Secretario a propuesta de los integrantes de la misma.
Además, el Vocal Ejecutivo es auxiliado por un Secretario Técnico.
Para cumplir con los objetivos de la Comisión, se cuenta con grupos de trabajo integrados por los propios actores de la cadena, así como invitados.